3,000m 級の山々の頂に至るまでには、標高に応じた多様な森林植生がみられ、その幅広い恵みを受けて、様々な生きものが生育・生息しています。「食う」「食われる」のつながりをはじめ、長い年月をかけて、南アルプス独自の生態系が築かれています。
ツキノワグマ（食肉目クマ科）
平野部から高山まで広く見られますが、主としてブナ林を中心とする奥山（標高1,000m 前後）の森林に生息します。主食は植物ですが、昆虫類やサワガニなども食べる雑食性です。冬眠は、樹洞や土穴などを利用し、そこでメスは出産します。
クマタカ（タカ目タカ科）
亜高山から低山の森にすみ、一年中同一地域で暮らします。上空をゆっくり飛びながら地上を探り、獲物を見つけると急降下して捕えます。ノウサギなどの中型哺乳類やヘビ類、中型以上の鳥類などを主に食べます。
ホンドオコジョ（食肉目イタチ科）
山地帯上部から高山（標高1,800m 以上）にかけての林床や岩礫地に生息し、ノネズミ類や鳥類、昆虫類などを食べます。季節により体色が変わり、夏毛は上面が褐色、冬毛は全身が白色になります。南アルプス周辺が日本の生息域の南限になっています。
アカイシサンショウウオ（有尾目サンショウウオ科）
南アルプス（赤石山脈）南部地域で発見された日本固有種です。標高500～1,000m程度の森林地帯に生息しています。生息場所が極めて限られ、個体数も極めて少ないと考えられています。
ヤマトイワナ（サケ目サケ科）
盛夏の水温がおよそ15℃未満の水域に分布し、落下昆虫や流下昆虫を主食とする、アメマス類の４地方群（亜種）の一つです。釣りブームによる乱獲と、それを補う形で放流されたニッコウイワナとの交雑により、生粋のヤマトイワナが見られる水域は極めて限定されています。
南アルプスは、国内有数のコウモリの生息地
日本では、移入種を除く約100 種の哺乳類のうち、30種以上をコウモリ類が占めており、齧歯類（ネズミの仲間）を抑えて最多の種類数です。
その中でも、南アルプスでは今まで15 種が確認されており、国内有数のコウモリの生息地となっています。森林性のコウモリについては、その生活の場である低山から亜高山に至る自然の森林や、すみかとなる樹洞ができるような巨木が極めて減少しており、生息環境そのものが破壊されていることが、大きな問題となっています。
ヒナコウモリ（翼手目ヒナコウモリ科）
前腕長約５㎝、体重14～30g の中型のコウモリで、夜間に活動し、ガなどの昆虫類を食べます。南アルプスではトンネル内や常緑広葉樹林帯で確認されています。
アオムシの食べものってな～んだ？
チョウの幼虫は、実は、食べる植物の種類が決まっています。（食草あるいは食樹といいます。）これは、植物が毒成分をつくり、チョウがそれを食べられるようになる長い進化の歴史を反映するものと考えられています。南アルプスには、高山チョウをはじめとする、普段見ることができない希少なチョウが何種類もいます。これは、地質時代に大陸から分布を拡大した寒冷地を好む種類が温暖化により寒冷な高山に生息地を求めた（高山に取り残された）ことや、南アルプスが多様な植物の宝庫であり、これらのチョウの食草・食樹が生育していることなどが理由と考えられています。
ヒロハノヘビノボラズ（メギ科）
ミヤマシロチョウ（チョウ目シロチョウ科）
ミヤマハタザオ（アブラナ科）
クモマツマキチョウ（チョウ目シロチョウ科）
南アルプスユネスコ
